「合格おめでとうございます。では、女子生徒としての準備を進めてください。」
偏差値70超の桜栄学園。名門大学への進学率が高く、中学校で常に成績上位だった佐原 遼は、模試の結果もA判定だった。 合格通知が届き、喜び勇んで棚にしまっていたが、後日とんでもない事実が判明する。
実は応募コースを間違え、本来希望していた「インテリジェンスコース」ではなく、女子専用の「インサイトコース」を選択していたのだった。 すでに他校の募集は終了しており、家族と相談の上、女体化して入学することを決意する。
幸い、学校にはコース転換制度があり、定期試験の成績次第で「男に戻る」「インテリジェンスコースに移籍する」ことが可能である。 遼は「佐原 りお」の名前を与えられ、コース転換を目指して勉強に取り組むのだった。